Середня річна температура в Пустельникове — +9.3°. Найтепліший місяць — липень (удень у середньому +26.5°), найхолодніший — січень (уночі в середньому -6.2°). За рік випадає близько 559 мм опадів, найбільше — у червні (68 мм). Дані — кліматична норма за останні 60 років і рекорди за 66 років спостережень.
| Місяць | Удень | Уночі | Опади | Дощових днів | Рекорд макс | Рекорд мін |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Січень | -1° | -6.2° | 40 мм | 9 | +13.1° (2023) | -30.1° (1970) |
| Лютий | +0.5° | -5.7° | 35 мм | 8 | +15.6° (1990) | -29° (2012) |
| Березень | +6.2° | -1.7° | 39 мм | 9 | +21.2° (2024) | -21.8° (1964) |
| Квітень | +14.5° | +4.7° | 47 мм | 10 | +29.2° (2012) | -8.3° (1987) |
| Травень | +20.9° | +10.6° | 55 мм | 10 | +34.5° (2007) | -0.9° (1965) |
| Червень | +24.6° | +14.9° | 68 мм | 11 | +35.6° (2009) | +4.9° (1982) |
| Липень | +26.5° | +17° | 59 мм | 9 | +36.4° (1996) | +10° (1983) |
| Серпень | +26.2° | +16.4° | 47 мм | 7 | +37.9° (2010) | +5.8° (1970) |
| Вересень | +20.6° | +11.5° | 46 мм | 7 | +34.8° (2020) | -1.5° (1977) |
| Жовтень | +13.3° | +5.8° | 40 мм | 7 | +28.7° (1999) | -5.7° (2003) |
| Листопад | +5.9° | +0.9° | 42 мм | 8 | +19.2° (2010) | -18.3° (1965) |
| Грудень | +1° | -3.5° | 42 мм | 9 | +15.2° (2008) | -26.6° (1969) |